A história da Igreja Presbiteriana em Jaburuna começou na década de 90. Em 1995, a liderança da Primeira Igreja Presbiteriana de Vila Velha, pastoreada à época pelo Rev. Honório Theodoro, entendeu que havia a necessidade trabalhar a integração dos membros da Igreja. No ano seguinte, quatro grupos começaram a se reunir regularmente para estudos bíblicos, oração e comunhão. Um destes grupos se reunia no bairro Jaburuna.
 

  A primeira reunião do pequeno grupo em Jaburuna foi no dia 1º de agosto de 1996, sob a lideranças dos irmãos Reinaldo Canal e Victor Scherrer. No ano seguinte, a liderança do grupo passou à Missionária Ariany Rios. Com o crescimento do grupo, o Conselho da Primeira Igreja designou o Rev. Flávio Eduardo Heringer como responsável pelo grupo, com vistas à sua organização como congregação no ano de 1998. No dia 02 de agosto daquele ano, a congregação começou a se reunir na Rua Maria Amália, 757. A Igreja permanece se reunindo neste mesmo endereço até hoje.
 

  Finalmente, em 11 de fevereiro de 2001, a congregação foi organizada como Igreja Presbiteriana em Jaburuna, pelo Presbitério de Vila Velha. Seu primeiro pastor foi o Rev. Flávio Heringer (2001-2004). Ao longo de 24 anos de organização, foram pastores da Igreja: Rev. Júlio Maria Caldeia Sellos (2005-2013); Rev. Max Wenzell Eller Louzada (2014-2018), Rev. Cláudio Lísias Gomes (2019-2021). Desde 2022, a Igreja Presbiteriana em Jaburuna tem sido pastoreada pelo Rev. Gladston Pereira da Cunha.
 

  Assim, a Igreja Presbiteriana em Jaburuna continua imbuída na mesma missão dos seus plantadores: pregar o evangelho e fazer discípulos (Mt 28.19-20).